余部抗争
黄巾军主力虽灭，然各地余部仍坚持斗争。于山林乡野，继续反抗朝廷。
黑山之地，张燕领导黑山军崛起。张燕本姓褚，轻捷矫勇，军中号“飞燕”。聚黄巾军余部及流民，活动于太行山区。黑山军势众，势力及于河北、山西等地。与官军数战，互有胜负。
张燕善结各方，与他义军联合，成强大势力。曾与袁绍多次交锋，袁绍虽兵多将广，亦难尽灭之。后张燕见天下大乱，为求自保，遣使至京师，上表请降。朝廷拜燕平难中郎将，领河北诸山谷事。
白波谷中，杨奉、胡才等领白波军活动。曾与李傕、郭汜交战，后护送汉献帝东归洛阳。白波军于乱世中，亦扮演重要角色。
此外，各地小股黄巾军余部，于山林乡村，与官军周旋。虽力弱，但反抗精神，激励百姓。